La historia de Fátima está permanentemente asociada a tres niños: Lúcia y sus primos, Francisco y Jacinta Marto, que el 13 de mayo de 1917 cuidaban del rebaño bajo las encinas en un lugar llamado Cova da Iria y presenciaron un destello de luz, la aparición de una "Señora vestida de blanco", donde ahora se encuentra la Capilla de las Apariciones. Apareciendo a los niños, la Santísima Virgen María dijo que había sido enviada por Dios con un mensaje para cada hombre, mujer y niño de nuestro siglo. Apareció en un momento en que la civilización sufría la guerra y la violencia sangrienta, y prometió que el Cielo daría paz al mundo si sus pedidos de oración, reparación y consagración eran escuchados y obedecidos.
Nuestra Señora de Fátima explicó a los niños que la guerra es un castigo por el pecado y advirtió que Dios continuaría castigando al mundo por su desobediencia a Su Voluntad a través de la guerra, el hambre y la persecución de la Iglesia, del Santo Padre y de los fieles católicos.
La Virgen les pidió que rezaran mucho por el bien del mundo y anunció que regresaría durante los próximos meses, todos los días 13. La última Aparición tuvo lugar en octubre, siendo presenciada por aproximadamente 70.000 peregrinos que presenciaron el Milagro del Sol.
El Mensaje de Nuestra Señora al mundo se basa en lo que se ha llamado el "secreto" que confió a los tres niños videntes en julio de 1917. El secreto consiste en tres partes. La primera parte fue una horrible visión del infierno "adonde van las almas de los pobres pecadores". La segunda parte del secreto profetizó específicamente el inicio de la Segunda Guerra Mundial. La última parte del secreto (a menudo llamada el "Tercer Secreto") fue escrita por Lúcia dos Santos en 1944 y está en posesión de la Santa Sede desde 1957.
Años más tarde, la Hna. Lúcia también relata que entre abril y octubre de 1916, un Ángel se había aparecido a los tres videntes tres veces, dos en la Loca do Cabeço y otra cerca del pozo del patio de la casa de Lúcia, invitándolos a la oración y penitencia.
Para señalar el lugar de las Apariciones, se construyó un arco de madera con una cruz. El pequeño árbol desapareció poco a poco, llevado por peregrinos. El 6 de agosto de 1918, con las limosnas de los fieles, se inició la construcción de una pequeña capilla en honor a Nuestra Señora, hecha de piedra y cal, cubierta de tejas, con 3,30 metros de largo, 2,80 metros de ancho y 2,85 metros de alto. Fue la primera construcción del actual recinto de oración.
Hoy, Fátima es considerada por muchos como el Altar del Mundo, donde huele a promesas y velas quemadas, y donde acuden millones de peregrinos movidos por la mayor fuerza del mundo: la fe. Fátima, ciudad de Paz. Tierra de Milagros y Apariciones.